Πολιούχος της πόλης. Είναι κτισμένη πάνω στο λιμάνι μέσα σε βράχο όπου παλιά ήταν Μονή.

Η παράδοση αναφέρει πως το 1550 μ.Χ. ένας ναυαγός ψάχνοντας για στεριά είδε ένα φως μέσα σε μια τρύπα του βράχου ύψους 30 μέτρων, και καθώς πλησίασε βρήκε την εικόνα της Παναγίας. Από την τρύπα του βράχου πήρε και την ονομασία «τρυπητή». Πηγές για τον αγιογράφο της εικόνας δεν έχουν διασωθεί. Ο ναυαγός έγινε ο πρώτος ασκητής της μονής. Ο ναός πήρε τη σημερινή του μορφή τον 19ο αιώνα.

Η Παναγία η Τρυπητή, γιορτάζει την Παρασκευή της Διακαινησίμου και προσέρχονται χιλιάδες επισκέπτες από όλη την Ελλάδα. Η Ιερά Σύνοδος της Ελλάδας την έχει αναγνωρίσει ως «Πανελλήνιο Ιερό Προσκύνημα».